純凈水是一種特殊的產(chǎn)品，一旦受到少數(shù)微生物污染，就可能超標，甚至出現(xiàn)絮狀沉淀等后果。因此控制微生物污染是生產(chǎn)企業(yè)一項非常重要的工作。保定康達水業(yè)分析表明，控制純凈水微生物污染的措施應(yīng)該是綜合性的，不能過分強調(diào)某一方面，而忽視了其他方面，因為生產(chǎn)過程中任何一個環(huán)節(jié)受到污染，都會影響產(chǎn)品的質(zhì)量。

加強自身衛(wèi)生管理，強化食品衛(wèi)生質(zhì)量意識，指定一名領(lǐng)導(dǎo)負責(zé)衛(wèi)生工作，設(shè)立專職衛(wèi)生檢驗機構(gòu)，加強對水源、包裝物、灌裝間空氣和產(chǎn)品檢測，制訂從水源管理、殺菌、灌裝、包裝到個人衛(wèi)生各環(huán)節(jié)的衛(wèi)生管理制度，并指定專人監(jiān)督實施，加強食品衛(wèi)生知識的培訓(xùn)學(xué)習(xí)，重點掌握消毒方法和明確微生物容易污染關(guān)鍵環(huán)節(jié)。

根據(jù)水源的特點，合理、科學(xué)地設(shè)計生產(chǎn)流程，配備必要的水處理和生產(chǎn)設(shè)備，選擇符合水消毒的滅菌系統(tǒng)。我國礦泉水和純凈水多使用紫外線、超濾和臭氧作為除菌和消毒殺菌設(shè)施。但多年的經(jīng)驗證明前兩種可靠性差，是造成產(chǎn)品不合格的主要因素，而采用臭氧殺菌被認為是目前的方法。

定期加強對生產(chǎn)全程的管道，容器和過濾器等有關(guān)設(shè)施的清理和消毒，做好瓶、蓋和灌裝間的消毒工作。據(jù)了解多數(shù)廠家的管道和包裝物的消毒采用二氧化氯(ClO2)，該藥物具有很強的氧化和消毒作用，但要加強對消毒藥物的質(zhì)量監(jiān)控，保證其消毒效果。